蛋白质的3D结构预测和分析蛋白质是生命体中的基本性质之一，它们负责细胞内的各种生化反应，并发挥着重要的生物学功能。因此，研究蛋白质的结构和功能就成为了现代生物科学领域的热门话题。蛋白质的结构是由其中的氨基酸组成，而氨基酸的序列是由基因编码的。因此，研究蛋白质的结构和功能通常需要同时考虑它们的基因信息和氨基酸序列。在这方面，结构生物学家制定了一种称为“三维结构预测”的技术，旨在根据氨基酸序列预测蛋白...

实验八、蛋白质的结构（3学时）目的：了解分子三维结构的重要性，了解如何进行蛋白质的二级结构预测以及发现与自己的蛋白序列最适合的三维模型，学会运用结构浏览软件对生物大分子的结构进行观察。内容：预测一个蛋白质序列的二级结构，从PDB站点检索并显示相应分子的三维结构，对蛋白质序列的三维结构进行猜测，观察蛋白质的三维结构及其序列特性。一、 蛋白质序列的二级结构预测蛋白质的二级结构预测已取得了巨大的成就。如...

COVID-19的病毒学、流行病学以及发病机制的认识新兴严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2（SARS-CoV-2）疾病在中国的爆发（COVID-19）已引起全球关注，并在2020年3月11日被世界卫生组织（WHO）宣布为大流行病。由于没有特定的疗法和疫苗可用于疾病控制，COVID-19的流行对全球公众的健康构成了巨大威胁。2019年年底，湖北省武汉市出现了一原因不明确的肺炎患者，随后，由于春节将近...

abort 终止  sequence, 序列 192  response factor, 响应因子 157 retention time, 保留时间 143, 144 accuracy 准确度  adaptive integration  all valleys, 所有峰谷98, 136 amount limits, 含量限 143, 175 analog...

对于主题"unrecognized option 'crf，"我会按照你的要求，从简到繁地探讨这个主题。我们需要了解'crf'是什么意思以及它在哪些领域中被使用。我们可以深入探讨'crf'的相关概念，例如它的工作原理、应用范围以及在不同领域中的作用。我会共享我对这个主题的个人观点和理解，并对整篇文章进行总结和回顾。1. 了解'crf''crf'是一种参数或选项，通常用于编程、数据分析或机器学习中。...

数字信号处理_胡广书（第三版）_随书光盘关于光盘的使用说明matlab难还是c语言难本光盘共包含六个子目录，其中三个是DSP_FORTRAN, DSP_C和DSP_MATLAB，另外三个是有关习题所需要的数据或文献。DSP_FORTRAN和DSP_C各含有约40个信号处理的子程序，概括了书中所涉及到的绝大部分算法。程序分别由FORTRAN语言和C语言编写（MA模型、ARMA模型及最小方差谱估计三个...

python读⼊多⾏数据的实例⼀、前⾔本⽂主要使⽤python 的raw_input() 函数读⼊多⾏不定长的数据，输⼊结束的标志就是不输⼊数字情况下直接回车，并填充特定的数作为⼆维矩阵⼆、代码def get2DlistData():res = []inputLine = raw_input() #以字符串的形式读⼊⼀⾏#如果不为空字符串作后续读⼊while inputLine != '':lis...

linq groupjoin用法GroupJoin 是 LINQ（Language Integrated Query）中的一个操作符，它允许你将两个序列进行连接，并生成一个包含两个序列中相关元素的序列。GroupJoin 在处理一对多关系时非常有用。下面是 GroupJoin 的基本用法示例：csharpvar orders = from order in ordersList  &nb...

join函数用法join函数是python的内置函数，它的功能是将序列中的元素以指定的字符连接生成一个新的字符串。具体用法：【参数一】。这是一个字符串，它可以是任何字符，比如空格、逗号、分号等。这个字符串会作为连接符，用于将序列中元素连接起来形成一个新的字符串。【参数二】。这是一个可迭代对象，比如列表、元组等；它的每个元素都会按照参数一指定的字符，连接起来形成一个新的字符串。【示例】。seq =...

CRC(Cyclic Redundancy Check)校验应用较为广泛，以前为了处理简单，在程序中大多数采用LRC(Longitudinal Redundancy Check)校验，LRC校验很好理解，编程实现简单。用了一天时间研究了CRC的C语言实现，理解和掌握了基本原理和C语言编程。结合自己的理解简单写下来。1、CRC简介CRC检验的基本思想是利用线性编码理论，在发送端根据要传送的k位二进...

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利说明书(10)申请公布号 CN 103095711 A(43)申请公布日 2013.05.08(21)申请号 CN201310018798.8(22)申请日 2013.01.18(71)申请人 重庆邮电大学    地址 400065 重庆市南岸区黄桷垭崇文路2号(72)发明人 徐川 唐红 赵国锋 杜成 张毅 (74)专利代理机...

怎样使用MEGA建立进化树在进行生物信息学研究中，建立进化树是一项非常重要的任务。MEGA（分子进化遗传学分析）是一款常用的软件，专门用于进行进化树和多序列分析。下面将详细介绍如何使用MEGA建立进化树。安装完成后，打开MEGA软件。在MEGA的主界面上，有几个常用的功能选项，包括「File」、「Edit」、「View」、「Tools」、「Align」、「Phylogeny」和「Help」。我们主...

利⽤MEGA-X选择模型及构建美化进化树今天主要介绍的是在MEGA-X图形界⾯下构建系统发育树并且对发育树进⾏美化。下载安装好MEGA-X后，⾸先打开软件。此处我们以⼀株细菌的16S rRNA序列为⽬标序列，⾸先在NCBI中进⾏Blast⽐对，下载将要⼀起⽐对建树的菌株序列。在NCBI中输⼊序列或者上传⽂件，选择数据库时可以选择「Nucleotide collection(nr/nt)」或者「16...

构建系统发育树需要注意的几个问题1 相似与同源的区别：只有当序列是从一个先人进化不合而来时，它们才是同源的。 2 序列和片段可能会彼此相似，可是有些相似却不是因为进化关系或生物学功能相近的缘故，序列组成特异或含有片段重复或许是最明显的例子；再确实是非特异性序列相似。3 系统发育树法：物种间的相似性和不同性能够被用来推断进化关系。 4 自然界中的分类系统是武断的，也确实是说，没有一个标准的不同衡量方...

利用系统进化分析软件对序列进行同源性分析1.0 目的1.1 为了保持国际上各个耐药性实验室的高检验水准，进行分子进化分析是有很重要作用的。它不仅可以保证流行病学目的顺利实现，而且有利于发现检测阶段可能产生的潜在的交叉污染。1.2 利用此软件进行分析所得的信息对于进行艾滋病毒在人中传播的流行病学研究具有十分重要的意义。1.3 通过对实验室之前分析的数据与当前数据进行比较，可以发现在此前实验过程中由...

2009年  第54卷  第9期: 1250 ~ 1261www.scichina  csb.scichina《中国科学》杂志社SCIENCE IN CHINA PRESS论 文美姑脊蛇Achalinus meiguensis 线粒体基因组全序列及系统发育地位研究王广力①, 何舜平②, 黄松③, 何苗①, 赵尔宓①④*① 四川大学生命科学学院, 成都...

构建系统进化树的详细步骤-生物信息学交流论坛-生物秀论坛『中国生物科学论坛』-...1. 建树前的准备工作 1.1 相似序列的获得——BLAST BLAST是目前常用的数据库搜索程序，它是Basic Local Alignment Search Tool的缩写，意为“基本局部相似性比对搜索工具”(Altschul et al.,1990[62];1997[63])。国际著名生物信息中心都提供基于W...

进化树分析步骤一、用CLUSTALX（1.83）排列序列（alignment）方法：1、打开记事本，以FASTA格式粘贴序列到记事本，所有要比对的序列都这么粘贴，格式如下：>aa （序列名称）aaagggtttttcccc（序列）>bbaaagggtttttcccc>ccaaagggtttttcccc2、用ClustalX打开记事本文件。导入第一个文件用load sequence...

一、获取序列一般自己通过测序得到一段序列（已知或未知的都可以），通过NCBI的BLAST获取相似性较高的一组序列，下载保存为FASTA格式。用BIOEDIT等软件编辑序列名称，注意PHYLIP在DOS下运行，文件名不能超过10位，超过的会自动截留前面10位。二、多序列比对目前一般应用CLASTAL X进行，注意输出格式选用PHY格式。生成的指导树文件（DND文件）可以直接用TREEVIEW打开编辑...

大家好：我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN （LINUX）。在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。进化树也称种系树，英文名叫¡Phyligenetic tree¡。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：⑴要对所分析的多序列目标进行排列（To...

如何利用dnasp软件计算单倍型多样性，PAUP软件构建MP树1、利用BioEdit和Clustalx对所有需要构建系统进化树的个体进行序列比对2、将Clustalx比对结果中的*.aln文件利用BioEdit打开，在其中删除clustal cons文件，这时候有一行“*******”消失，将该文件转存为*.fst格式文件。3、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择analysi...

一、 时间序列预测概述 1.时间序列时间序列就是一个变量在一定时间段内不同时间点上观测值的集合 。这些观测值是按时间顺序排列的，时间点之间的间隔是相等的。可以是年、季度、月、周、日或其它时间段。常见的时间序列有：按年、季度、月、周、日统计的商品销量、销售额或库存量，按年统计的一个省市或国家的国民生产总值、人口出生率等。 时间序列预测概述2.时间序列预测方法定性分析方法定量分析方法外推法：出时间序...

EXCEL分数排名在用Excel制作相关的数据表格时，我们可以利用其强大的排序功能，浏览、查询、统计相关的数字。下面，我们以图1所示的“员工基本情况登记表”为例，来全面体验一番Excel的排序功能。 一、快速排序 如果我们希望对员工资料按某列属性(如“工龄”由长到短)进行排列，可以这样操作:选中“工龄”列任意一个单元格(如I3)，然后按一下“常用”工具栏上的“降序排序”按钮即可(参见图1)。 小提...

VB笔试模拟试卷137 (题后含答案及解析)题型有：1. 选择题 2. 填空题 选择题（每小题2分，共70分）下列各题A、B、C、D四个选项中，只有一个选项是正确的，请将正确选项涂写在答题卡相应位置上。1． 在计算机中，算法是指______。A．查询方法B．加工方法C．解题方案的准确而完整的描述D．排序方法正确答案：C解析：计算机算法是指解题方案的准确而完整的描述，它有以下几个基本特征：可行性、确...

国家二级VB机试（公共基础知识）模拟试卷2(总分60,考试时间90分钟)1. 选择题1. 有二叉树如下图所示：则前序序列为(  )。A. ABDEGCFH        B. DBGEAFHCC. DGEBHFCA        D. ABCDEFGH2. 设二叉树的前序序列为ABDEGHCFIJ，中序序...

偏自相关系数检验python偏自相关系数检验（Partial autocorrelation coefficient test）是时间序列分析中的一种重要方法，用于确定两个变量之间的关系，例如用于预测未来的趋势和行为。在Python中，可以使用statsmodels库中的pacf函数来计算偏自相关系数（Partial autocorrelation coefficient）。接下来，将介绍如何使用...

# coding: utf-8import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltfrom __future__ import division# 获取数据函数def get_stock_data(stock_code, index_code, start_date, end_date):   ...

Python中的length是一个常用的函数，它用于返回序列对象的长度或者是集合对象中元素的个数。在Python中，我们可以使用length()函数来获取字符串、列表、元组、字典等对象的长度。这个函数非常方便，可以帮助我们快速地获取一个序列中元素的个数，从而对序列进行操作和处理。下面，让我们来详细了解一下Python中length的用法。1. length函数的基本用法在Python中，我们可以使...

python逆差分函数Python逆差分函数是一种用于撤销差分操作的函数，通常用于时间序列分析中。在时间序列分析中，差分操作被广泛使用，因为它可以将非平稳时间序列转换为平稳时间序列。但是，在进行一些分析之后，我们可能需要将平稳时间序列重新转换回原始的非平稳时间序列。这就是逆差分函数派上用场的地方。逆差分函数的作用是对差分后的序列进行还原，使其回到差分之前的状态。这个过程非常重要，因为只有这样我们才...

python freq参数Python是一种广泛使用的编程语言，它具有简单易学、高效、可扩展等特点，因此在数据分析、机器学习等领域得到了广泛应用。在Python中，freq参数是一个常用的参数，它用于指定数据的频率。freq参数是Python中pandas库中的一个参数，它用于指定时间序列数据的频率。在pandas中，时间序列数据是指按照时间顺序排列的数据，例如股票价格、气温等数据。freq参数可...