如何利用dnasp软件计算单倍型多样性，PAUP软件构建MP树
1、利用BioEdit和Clustalx对所有需要构建系统进化树的个体进行序列比对
2、将Clustalx比对结果中的*.aln文件利用BioEdit打开，在其中删除clustal cons文件，这
时候有一行“*******”消失，将该文件转存为*.fst格式文件。
3、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择analysi s→DNA polymorphism，
弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，在弹出的对话框中的Number of Haplotypes，后面对应的数值即为单倍型多样性，Standard Deviation of Haplotype diversity后面对应为SD（标准差）值。在该对话框中Nucleotidy diversity即为核苷酸多样性。
注：单倍型多样性即指在某一个种或几个种中存在差异序列的数量。
4、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择Genetate→Haplotype Date
file，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，在弹出的对话框中输入保存的路径和文件名（注意不要修改扩展名），点击确定，在弹出的对话框中给出了单倍型数量和每个单倍型中包含的样本信息，在后续处理中每个单倍型只需选择一个样本。
5、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择Overview→polymorphism
date，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，里面有单倍型多样性和核苷酸多样性信息。
6、由于PAUP并不识别该格式软件，因此需要利用dnasp软件将其转存为*.nex格式，方法
如下，用dnasp软件打比对后的*.fat格式文件，在菜单中选择 date as→NEXUS ，命名，选择路径。
7、打开PAUP软件，打开刚才利用dnasp转存的文件。这时会在对话框下方出现如图1所
示文字。
图1
8、在下面的框中依次输入下面命令即可。命令如下：
注：其中第三和第四步需要运行一段时间后再输入下一命令。第七步需要输入要保存的文件名。将红的*换成文件名。这样就构建完MP树了。
1）set criterion = parsimony maxtrees = 1000 increase = auto autoclose = yes
2）pset gapmode = newstate
3）hsearch addseq = random nreps = 100 swap = TBR
4）bootstrap nrep = 1000 keepall = yes cutoffpct = 0
search = heuristic / addseq = random nreps = 20 swap = TBR
5）showtree all / root = outgroup
6）describetree 1 / plot = phylogram brlens = yes root = outgroup
7）savetrees file = *.tre root = yes brlens = yes savebootp = both from = 1 to = 1
8）log stop
9）factory
10)quit
简便MP建树方法，适合于单倍型大于80的计算：
1. outgroup 外1 外2 外3……
2. set criterion = parsimony maxtrees = 100（数值可以随意，但不能是1000，系统运算不过来）
3. pset gapmode = newstate
4. hsearch addseq = random nreps = 100 swap = TBR
5. bootstrap nrep = 1000 keepall = yes cutoffpct = 0
search = heuristic / addseq = random nreps = 20 swap = TBR
6. showtree all / root = outgroup
bootstrap 软件
7. describetree 1 / plot = phylogram brlens = yes root = outgroup
8. savetrees file = *.tre root = yes brlens = yes savebootp = both from = 1 to = 1
9. log stop
10. factory
11. quit