第八章  核酸引子设计
Vector NTI有引子设计的功能，用户可以根据实验的需求，设计使用者所需之特定核酸引子。首先在主程序中用户将PCR反应的区段序列用光标选取，接着进入Analyses→Primer Design(图8.1)：
图8.1 选取PCR反应的区段，设计特定核酸引子
  此项目可以提供用户根据不同的实验需求进行引子设计。可以将设计好的引子进行存取和分析，也可以将设计好的引子资料传送Invitrogen进行引子合成。  Find PCR Primers：进入这个项目后用户会先看到一个窗口(图8.2)：
图8.2 Find PCR Primers窗口，要进阶设定，点选More >>
  使用者可以根据实验的需求来设定相关的条件：上方Region of Analysis可以填入欲分析的序列范围；P
roduct Length可以设定使用者PCR所夹的序列长度。中间Maximum Number of Output Options可以设定引子组数，下面的参数是可以设计引子的特性，如Tm值及引子长度等等。若要在引子两端加入限制酶剪切序列
可以点选：
图8.3 Find PCR Primers进阶设定，在引子两端可加入限制酶剪切序列
  使用者可以在下方Attach to 5’terminus(图8.3)点选加入欲设定的限制酶即可；上方User-Defined Primers的项目可以把在Local Database中现有的引子资料直接使用。以海大斑马鱼基因为例子，设计一个两端带有EcoRI和NdeI的限制酶片段、Tm值介于55到60、GC含量介于50到60、长度介于20到40、欲夹的序列全长及引子数目，设定好相关条件后按下确定(图8.4)：
即时设计教程图8.4 Find PCR Primers设定完后按下”确定”
  这时用户在文字窗口(图8.5)的下方字段可以看到多出一个PCR Analysis的文件夹，上面会显示用户设计的引子数据：
图8.5 文字窗口，增加了PCR Analysis的数据
  在这个字段中使用者首先看到序列会被一个空格切成两部分(图8.6蓝部分)，左边的序列为使用者加入限制酶的序列；右边的序列为设计的引子序列。在每组的正向和反向引子下方会显示序列的相关数据，用户想要储存结果只要选取引子，接着按下鼠标右键：
图8.6 选取序列字段后右键单击，对引子进行储存动作
  使用者可以点选Save To Database(图8.7)：
图8.7 储存引子到数据库
  存取方式和前一章所介绍的作法是完全相同的，存盘的默认路径指向Local Database中的Oligos文件夹里（如同前一章所介绍的方式，使用者也可以在Local Database中建立属于自己的引子档案夹）。如果想要输出序列，可以点选Copy Item Data进行输出(图8.8)：
图8.8 将引子输出至记事本
  若是直接订购引子，使用者可以点选Order的项目，这样子引子的数据就会送到Invrogen公司进行引子合成服务。Add to Oligo List功能和Add to Gel Sample List功能类似，一样会把引子数据暂存在窗口中，
以便于进一步的分析。要开启
Oligo List时，使用者只要点选即可(图8.9)：
图8.9 开启Oligo List，对引子进行编辑和分析