质谱数据分析资源
1 数据库
（1）蛋白质序列数据库：
/
bi.v/sites/entrez?db=Protein
www.ebi.ac.uk/IPI/IPIhelp.html
（2）实验数据：
www.ebi.ac.uk/pride/startBrowse.do
bioinformatics.icmb.utexas.edu/OPD/
/
/data.jsp
Adipose Proteome Database: proteome.biochem.mpg.de/adipo
Organellar Map Database: proteome.biochem.mpg.de/ormd/
Body Fluid Database - Seminal: proteome.biochem.mpg.de/seminal/
Body Fluid Database - Tear: proteome.biochem.mpg.de/tear/
Body Fluid Database - Urinary: proteome.biochem.mpg.de/urine/
Red Blood Cell Database: proteome.biochem.mpg.de/rbc/
2 数据分析工具
（1）蛋白质组专家系统：/tools/ 提供的工具链接：
Aldente：利用PMF数据鉴定蛋白质，使用了Hough变换来处理图谱，对图谱进行再校正和异常值排除。提供单机版下载。
FindMod：利用PMF数据鉴定蛋白质中存在的修饰，考虑的修饰是Swiss-Prot数据库中包含的注释。
FindPept：利用PMF数据鉴定蛋白质，处理非特异性酶切的数据，考虑了化学修饰，翻译后修饰等因素。
GlycoMod：利用PMF数据预测蛋白质中可能发生的糖基化修饰，鉴定糖肽。
Mascot：商业化的数据库搜索软件，提供PMF搜库，PFF搜库以及混合搜库的功能，网站有大量的背景知识介绍。网址为：www.matrixscience/。
PepMAPPER：PMF数据搜索软件。
PFMUTS：从PMF数据中寻可能的肽段突变（1~2个）。
ProFound：基于贝叶斯模型的搜库软件。
ProteinProspector：系列搜库软件，包括MS-Fit, MS-Pattern, MS-Digest 等。 Popitam：从图谱数据中寻未知修饰。
Phenyx：商业化串联质谱数据搜库软件。
OMSSA：开放源码的搜库软件，由NCBI提供。
PepFrag： 搜库软件。
SearchXLinks：搜索修饰、cross-linked的特殊搜库软件。
（2）系统生物学研究所：/software.php提供的连接：
S E Q U E S T：fields.scripps.edu/sequest/ 搜库软件SEQUEST的使用资料，十分详细。还同时提供extractms ，2to3，MS2，SQTSort，DTASelect，DaughterDB，RelEx等工具的使用说明，可以向网站维护者索要这些工具。
PeptideProphet： /PeptideProphet.php 肽段鉴定结果验证工具，新的版本已经整合在TPP中，开放源代码，能够处理现在主流搜库软件SEQUEST、Mascot，Phenyx，X!Tandem等软件的结果。
SBEAMS：数据库管理系统，开放源码。
（3）蛋白质组共享平台：/tools.jsp
提供了包括数据整理、数据格式转换、搜库、搜库结果分析、数据共享等74个工具: INTERACT: /Interact.php
Out2Summary: /out2summary.php
Trans-Proteomic Pipeline: /TPP.php
Scaffold - Free Viewer:
www.proteomesoftware/Scaffold/Scaffold_viewer.htm
PrestOMIC: le/p/prestomic/wiki/PrestOMIC
Human ProteinpediA:
Microbial Protein-Protein Interaction Database - MiPPI: v Integrated Post-Genomic Data Resource: / Mascot File Parsing and Quantification: mfpaq.sourceforge
RAP, JRAP, RAMP: /rap.php
T2Extractor 2.0: /archive/1114637208624/
Peak List Conversion Utility (Java Web Start):
/current/531/ConvertPeakList.jnlp
mzXML2Other: /current/522/
ReAdW: /ReAdW.php
MassWolf: /MassWolf.php
mxStar: /mzStar.php
Prototype C-Sharp Converter:
/PrototypeCSharpConverter.php
Mascot Peptide Mass Fingerprint:
www.matrixscience/cgi/search_form.pl%3fFORMVER=2%26SEARCH=PM F
Aldente: /tools/aldente/
PROCLAME: proclame.unc.edu/
Genome-based Peptide Fingerprint Scanning (GFS): gfs.unc.edu/
Human ProteinpediA:
TheGPM (Human):
TheGPM (Prokaryotes):
TheGPM (Plant UniGene):
TheGPM:
TheGPM (Xenopus):
TheGPM (T. brucei):
Mascot MS/MS Ion Search:
www.matrixscience/cgi/search_form.pl%3fFORMVER=2%26SEARCH=MIS The Open Mass Spectrometry Search Algorithm (OMSSA):
bi.v/omssa/index.htm
Phenyx Web Interface (PWI): phenyx.vital-it.ch/pwi/login/login.jsp PeptideProphet: /PeptideProphet.php ProteinProphet: /ProteinProphet.php
InsPecT: high-throughput identification of peptide mass spectra:
peptide.ucsd.edu/inspect.html
VEMS 3.0: yass.sdu.dk/
Sequit! 4.0 Online: www.proteomefactory/sub/s505-Sequit.htm
Pep_Probe: bart.scripps.edu/public/search/pep_probe/search.jsp
Popitam: /tools/popitam/
Scaffold from Proteome Software:
www.proteomesoftware/Proteome_software_prod_Scaffold.html Genome Annotating Proteomic Pipeline (GAPP): www.gapp.info/
Insilicos Proteomics Pipeline (IPP): www.insilicos/IPP.html
GNU polyxmass project: /
Wildcat Toolbox: Perl scripts for mass spectral data analysis and sorting:
proteomics.arl.arizona.edu/perl.html
GPMDB-US:
GPMDB-based Include List Generator :
/current/559/IncludeListGenerator.jnlp
Make2D-DB II: /ch2d/make2ddb/
Illinois Bio-Grid Mass Spec Toolkit:
i.depaul.edu/twiki/bin/view/IBG/MassSpecToolkit
MassSieve: A New Tool for Mass Spectrometry-Based Proteomics:
/dev/masssieve/
XPRESS: /XPRESS.php
ASAPRatio: /ASAPRatio.php
ZoomQuant: w.edu/zoomquant/index.jsp
OpenMS : www.openms.de
X! Hunter： /tandem/thegpm_hunter.html
SpectraST：/spectrast/
BilbSearch ：proteome.gs.washington.edu/bibliospec/documentation/ MSExpedite: /current/530/MSViewerApp.jnlp Insilicos mzXML Viewer: insilicos/viewer.html
免费资源网站源码下载mzXML Viewer: /mzXMLViewer.php
Cytoscape: /Cytoscape.php
MSight: /MSight/
Insilicos mzXML Viewer: www.insilicos/Insilicos_Viewer.html
PATIKA tools:
JVirGel 2.0: www.jvirgel.de
SameSpots: samespots/try_it.asp
PepNovo: peptide.ucsd.edu/pepnovo.html
LutefiskXP: www.hairyfatguy/lutefisk/
PEAKS: www.bioinformaticssolutions:8080/peaksonline/
网站：/wiki/index.php?title=Software:Overview提供下面一些：
Petunia (TPP GUI)：开放源代码的数据整合分析平台TPP的图形化界面。 ProteinProphet：蛋白质组装工具。
Pep3D：质谱数据可视化。
ASAPRatio， XPRESS：质谱数据定量分析工具。
文件格式转换工具：Out2Summary, MzXML2Search, MsXML2Other, readmzXML, mzStar ReAdW,QualScore, RAMP, Out2XML, Mascot2XML, Tandem2XML。
3 其它资源
Atomic Masses:
/archive/1129086318745/docs/atom-reference.html
Residue Combination Tool:
/current/511/ResidueCombinationCalculator.jnlp Amino Acid Combo List
/current/511/docs/residue-combination-reference.html
Amino Acid Masses
/current/511/docs/residue-reference.html Microbial Protein-Protein In
teraction Database – MiPPI
v
Integrated Post-Genomic Data Resource
/
NIST Library of Peptide Ion Fragmentation Spectra
/data/National%20Institute%20of%20Standards%20and%20Technology%20(NIST)/ SRD1A.jsp