BRIG(BLAST Ring Image Generator)软件中文说明
BRIG使用BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)进行基因组的比对分析并使用CGView进行图像的生成。
1、首先安装Java和BLAST/BLAST+,解压BRIG安装包,双击BRIG.jar,运行BRIG。
(1)通过Preferences >BRIG options,设置blast+软件路径,如下:
(2)载入示例文件
选择载入参考基因组,设置输入文件夹和输出文件夹,单击Add to data pool将输入文件夹中的序列添加到BRIG data pool,单击next。
(3)设置每一圈信息
Add new ring添加圈,选中data pool中的数据,单击Add data,添加选中的序列。设置完成后单击next。一般设置如下:
Ring1 G C_Skew
Ring2 G C content
bank文件Ring3 r efgene.fna
Ring4 g enome1.fna
Ring5 g enome2.fna
…………
(4)提交任务
选择图片输出格式:jpg、png、svg、svgz,单击submit,提交比对任务并输出图片。
(5)最终输出结果
2、看着上面的图是不是感觉缺少点什么?是的,缺少注释信息。当序列添加完成后,通过Add custom feature按钮,进入基因注释信息编辑栏。