美国应用生物系统公司
法医及亲子鉴定数据分析软件GeneMapper ID v3.1 中文操作手册
（Rev B。仅供参考。请阅读英文原版手册。）
ABI中国公司技术服务部x 2004年
目录
概述 (2)
快速入门指南 (3)
中文手册 (5)
一. 安装及登录 (5)
二. 设置参数 (5)
三. 分析数据 (6)
四. 输出结果 (7)
概述
GeneMapper是高通量、高自动的DNA片段分析和基因分型软件，功能上相当于GeneScan、Genotyper和Template的整合，应用上分4类：基于STR连锁分析的基因组扫描，基于STR遗传分析的亲子鉴定，基于单碱基延伸的SNP分析，和基于寡核苷酸连接(OLA)的大规模SNP分析。其中GeneMapper ID v3.1是亲子鉴定的专业软件。
GeneMapper以Project为单位管理数据，之下划分4个层次，依次为Kit (应用)、Panel (位点组，相当于Bin Set)、Locus(位点，相当于Marker)和Allele (等位基因，相当于Bin)。kit 是各种AmpFlSTR试剂盒的总称；Panel是一组Marker，即日常所指的试剂盒，如Identifiler、Profiler Plus、COfiler等。Panel所包
含的全部位点及其起止范围的定义称为Bin Set。Locus 就是STR位点，如D16S539、TH01等。Allele是等位基因。对人而言，STR位点可以有几种到几十种等位基因；对个体而言，只有1种(纯合子)或者2种(杂合子)。每个Allele的起止点、颜、属于哪个Marker等定义称为Bin。
软件操作分3步：设置参数，分析数据，编辑结果。参数设置主要是输入Panel和Bin。亲子鉴定的Panel和Bin由ABI公司提供。分析参数只需设置1次，以后直接调用。分析完成后，软件会对每个计算步骤都进行质量控制并评分，赋以颜标志：红表示失败，需要重新实验；黄表示有疑问，需要查验原始图谱；绿表示成功，无需干预。软件按红、黄、绿的顺序排列结果。这样，在处理大批数据时，只需编辑为数不多的黄标志数据，不必一个一个检查，可以节省大量时间。
快速入门指南
1. 开机
开显示屏，开电脑，开GeneMapper ID v3.1软件。登录软件的初始用户名为gmid，无密码。第一次登录软件要求用户指定自己的密码。进入软件后也可以设立新的用户帐户。
2. 输入Panel和Bin
输入Panel：从Tools菜单打开Panel Manager，选中位于左边浏览窗的Panel Manager，从File菜单中选
择Import Panels，浏览到Panel文件AmpFLSTR_并选中，点Import，软件即在浏览窗中新建一个kit文件夹AmpFLSTR_Panels_v1。
输入Bin：选中AmpFLSTR_Panels_v1文件夹，从File菜单中选择Import Bin Set，浏览到Bin文件AmpFLSTR_并选中，点Import输入。
点OK保存数据到oracle数据库，关闭窗口。
查看Panel和Bin：打开Panel Manager，点选AmpFLSTR_Panels_v3文件夹，右边的窗口中即列表显示该文件夹中的全部Panel (Profiler Plus、Identifiler等)；展开kit文件夹，点选其中的一个Panel如Identifiler，右边即显示该Panel中的Maker列表，如D8S1179、TH01、vWA 等；展开Panel文件夹，点选其中的Maker，右边窗口即显示该Maker的Bin图谱。
查看完毕，点OK关闭Panel Manager。
3. 设置分析方法
从Tools菜单中选择打开GeneMapper Manager，其中包括Projects、Analysis Methods、Table Settings、Plot Settings、Matrices和Size Standards5项内容。
点Analysis Method标签，点New建立新方法：类型选HID，点OK打开Analysis Method Editor。在General窗口取名HID_Classic；在Alleles窗口的Bin Set选AmpFLSTR_Bins_v1；在Peak Detector窗口选Basic算法，指定阈值为150点；Peak Quality和Quality Flags参数可以不作修改，点OK保存。
点Table Settings标签，点New打开表格设置页面。在General窗口取名；根据需要选择项目打钩，OK。
点Plot Settings标签，点New打开图谱设置页面。在General窗口取名；根据需要选择项目打钩，OK。
4. 设置默认值
在主页面的Tools菜单中选择Options。在Startup窗口选择Open Blank Project，在Add Samples窗口的各项参数选择Read from the sample，不设Sequence Collector，在Analysis窗口选择自动将失败的数据列于前面，在Users窗口添加新用户的帐户和密码，点OK关闭窗口。
5. 分析数据
在主页面的File菜单选择Add Samples to Project，浏览到、选中样品文件所在的文件夹，点Add to List，点Add，样品文件即显示在Project主窗口中。
点击Analysis Method列的第一个空格，在弹出的窗口中选方法HID_Classic，Fill Down；点Panel，选Id
entifiler或Profiler Plus等，Fill Down；点击Size Standard，选CE_F_HID_GS500或者CE_G5_HID_GS500或者377的对应分子量文件，Fill Down。
点击大绿分析按钮，出现Save Project对话框，取名保存后，软件即开始处理数据，计算完毕左下角显示Analysis completed。
6. 编辑结果
在Size Match Editor中确定Size Standard的片段大小是否吻合。在定义分子量内标的时候，250 bp片段定义为0，由软件计算其实际大小。这个数字一般是246左右。它可以作为一个标志，用来判断不同样品的电泳迁移速率是否一致，只有该值相差不到1 bp，才可认为这些样品可以相互比较。
在Sample页面，选中一个样品(一个样品对应一行)，再点Display Plot按钮，即可打开电泳图谱。图谱可以按颜分开单显示，可以任意多种颜同时显示，也可以将不同样品的数据叠加在一起显示，便于相互比较。电脑软件editor
在Genotype页面，软件列表显示基因分型结果。选择表格设置文件，可以得到简明的实验报表。该表以文本文件格式输出，可以用Excel打开。选中一个位点(一个位点对应一行)，再点Display Plot按钮，即可打开该位点的图谱，确认或修改基因分型。
7. 输出CODIS
从Tools菜单选择CODIS Export Manager，从中可以增加Specimen Type (软件中目前的Specimen Type被CODIS接受)、source lab ID和destination lab ID。
从File菜单中选择Open，打开一个Project，进入Samples页面，对每一row作适当的选择：ladder和control选No Export，样品选forensic unknown。从File菜单中选择Export Table for CODIS，输入文件名，输出文件类型选择CMF 1.0，选实验室ID和路径，点Export。
ABI Prism  GeneMapper ID v3.1中文手册
1. 安装及登录
1.1  软件安装
必须以管理员权限(Administrator)登陆本机(Local)才能安装GeneMapper ID v3.1软件。对系统的要求为：英文版Windows NT v4.0 (SP5)或者Windows 2000 Professional (SP3)操作系统，区域和语言设置为English(USA)；奔腾III处理器以上；大于256M RAM；可用硬盘大于6G。在oracle安装之前TCP/IP必须安装好。要求single-processor电脑，不能在dual-processor Pentium电脑上安装。
如果电脑上有其他版本的GeneMapper软件，请首先通过控制面板的Add/Remove Program卸载，并手工删去GeneMapper文件夹，然后安装。安装时间在1小时左右，中间请勿打断安装进程。
如果电脑显示安装成功而软件不能启动，请首先确认Oracle数据库是否正确安装：进入Start > Programs > Accessories > Command Prompt, 输入sqlplus回车, 显示SQL*Plus: Release 8.1.7.0.0, user-name输入system回车, password输入manager回车。如果显示成功联结到数据库，说明安装成功；否则需要手工设置数据库：输入exit回车，退出SQLPlus；输入cd /d x:\Appliedbiosystems\GeneMapper\database，其中x是软件所在的路径，回车；输入ifadb x:\oraclegm\oradata\ifa回车，如果显示很多行的成功字样，说明设置成功；如果显示错误，重复手工设置步骤，当DOS窗口关闭后，即可启动软件。
如果Oracle数据库安装不正确，请卸掉GeneMapper ID v3.1软件，重新安装。
1.2  软件登录和退出
首次登陆软件要求输入用户名、公司名和注册码。注册成功后，显示登录页面，初始用户名为gmid，密码为空白，点OK后出现密码设置对话框，用户自己设置一个6-10字母的密码。然后登录软件。登录软件后，可以在Users窗口建立更多的用户帐户和密码。
日常的开机步骤为：先开显示屏，再启动电脑主机，进入Windows操作系统。待鼠标沙漏消失，电脑启动完成后，双击桌面图标，打开GeneMapper ID v3.1应用软件，软件显示一个空白的Project文件。
退出软件的方法为：从File菜单中选择Logout或者Exit，或者点击X按钮。
2. 参数设置
2.1  输入Panel和Bin
GeneMapper软件为各种HID试剂盒提供预定义的Panel和Bin，直接使用。
输入Panel：从Tools菜单中选择Panel Manager（或点击工具条上的Panel Manager按钮）打开Panel Manager。在左边的浏览窗中选中Panel Manager，从File菜单中选择Import Panels，浏览到Panel文件AmpFLSTR_并选中它，点Import，软件即在浏览窗中建立一个kit文件夹AmpFLSTR_Panels_v1。