Runned
1、利用jModelTest建模，记录如图1输出的结果
图1
2、将利用Dnasp输出的.nex数据转化为txt格式（图2）。其中111为个体数，334为最长序列碱基对数（bp）。
图2
3、打开PhyML软件，在DOS中输入刚才保存的文件名，如图3最后一行。回车
图3
4、回车后出现如图4所示界面，这里面需要注意的是[I]项，因为我们用的是sequential，因此在光标处输入I，然后回车，会发现[I]项后的interlea变为sequential，设置成功后输入+ 回车，进行下一步。
图4.
Give Attention to D(DNA) and I (sequential),based on my data
11.enter +,as following fig2.
5、因为这里面没有我们想要的模型，因此这一步我们需要设置[M]项（图5），即模型设置，在光标处输入M，转换模型为Custom（图6）。
图5
Attention to M(HKY85), F (no), T(estimated), V(estimated), C(1) based on my data
12.enter + get it as following fig 3
图6
6、在光标处输入K，设置[K]项，即模型设置，如图7，输入刚才我们计算的模型（图1）中的partition = 012012中的数值（图8）.回车后会让你输入如下数值：(如图9)
R(a) [AC] =  0.8931
  R(b) [AG] =  13.5661
  R(c) [AT] =  1.0000
  R(d) [CG] =  0.8931
  R(e) [CT] =  13.5661
  R(f) [GT] =  1.0000
注：此时会根据你输入的bootstrap 软件partition = 012012中的数值让你设置如上六项数值，例如012012即为两两想同，既1=4，2=5，3=6只需输入如图9中的三项数值即可。
图8
图9（图中出现的current=0.89为已经输入的结果，这里为看的方便又重新设置了一遍）
7、输入完成后会出现如图10结果，这一步继续在光标处输入A，设置Gamma数值，出现Optimise alpha?输入N，回车，输入alpha值，即  gamma shape = 0.2170中的数值，这个软件只识别小数点后2位，四舍五入。
图10
8、完成后输入+，回车下一步，如图11，继续+，回车。
图11
Attention to
13. Enter + we get as following fig 4.
9、如图12在光标处输入B，设置bootstrap值为1000.
图12
Attention to B(yes,1000)]
15. y enter
10、输入Y，回车，开始运行程序