dnasp说明书
篇一：PAUP软件使用说明
PAUP软件使用简要说明
1.数据输入格式
将需要分析的一组DNA数据经Clustal软件比对分析后，将其比对结果的*.aln文件用Mega软件打开并转换为Mega格式（File-〉Convert To Mega Format），转换结果会以*.meg文件存在与*.aln 同一目录下，再用DNAsp软件将*.meg文件转换为PAUP格式（File-〉Save/Export Date As，以NEXUS File Format保存）即可。bootstrap 软件
2.MP法分析
先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入
outgroup_外名回车
Bootstrap_eps=1000_keepall 回车
Describetree 回车
Savetrees_from=1 to=1000 回车
3.NJ法分析
先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入
outgroup_外名回车
Set_criterion=distance 回车
Bootstrap_search=nj_eps=1000_keepall 回车
contree 回车
Savetrees_from=1_to=1000 回车
4.ML法分析
先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入
Set_criterion=likelihood 回车
Bootstrap_eps=100_keepall 回车
contree 回车
Savetrees_from=1_to=100 回车
注：外名指的是分析数据中外的代号；
下划线“_”表示键入一个空格；
结果以*.tre格式存在分析数据的同一文件夹内，用Treeview软件打开。
篇二：PhyML_使用说明书
Runned
1、利用jModelTest建模，记录如图1输出的结果
图1
2、将利用Dnasp输出的.nex数据转化为txt格式（图2）。其中111为个体数，334为最长序列碱基对数（bp）。
图2
3、打开PhyML软件，在DOS中输入刚才保存的文件名，如图3最后一行。回车
图3
4、回车后出现如图4所示界面，这里面需要注意的是[I]项，因为我们用的是sequential，因此在光标处输入I，然后回车，会发现[I]项后的interlea变为sequential，设置成功后输入+ 回车，进行下一步。
图4.
Give Attention to D(DNA) and I (sequential),based on my +,as following fig2.
5、因为这里面没有我们想要的模型，因此这一步我们需要设置[M]项（图5），即模型设置，在光标处输入M，转换模型为Custom （图6）。
图5
Attention to
M(HKY85), F (no), T(estimated), V(estimated), C(1) based on my + get it as following fig 3
图6
6、在光标处输入K，设置[K]项，即模型设置，如图7，输入刚才我们计算的模型（图1）中的partition = 012012中的数值（图8）.回车后会让你输入如下数值：(如图9)
R(a) [AC] = 0.8931 R(b) [AG] = 13.5661 R(c) [AT] =    1.0000 R(d) [CG] = 0.8931 R(e) [CT] = 13.5661
R(f) [GT] =    1.0000 注：此时会根据你输入的partition = 012012中的数值让你设置如上六项数值，例如012012即为两两想同，既1=4，2=5，3=6只需输入如图9中的三项数值即可。
图
8
图9（图中出现的current=0.89为已经输入的结果，这里为看的方便又重新设置了一遍）7、输入完成后会出现如图10结果，这一步继续在光标处输入A，设置Gamma数值，出现
Optimise alpha?输入N，回车，输入alpha值，即gamma shape = 0.2170中的数值，这个软件只识别小数点后2位，四舍五入。
图10
8、完成后输入+，回车下一步，如图11，继续+，回车。
图11
Attention to
篇三：Mrbayes使用说明
Mrbayes(运行过)
文件格式为.nex，转化方法：将比对后利用DnaSp输出的NEXUS 数据按如图1（tcs模板）格式进行调整，需要重新比对分析，然后将序列拷贝到模板中。其中ntax为个体数，nchar为碱基数，即包括“-”的最大碱基数。“-”为缺失碱基位点，注意在每条碱
基名称中不能出现“-”，否则无法识别。
图1
1．在DOS下依次输入如下命令：exe *.nex
其中*为要输入的文件名，文件需转化为.nex格式。打开后会显示“Successfully read matrix”“Exiting data block”和“Reached end of file”。
2.如完成上步，输入下面命令，其中lset nst=?，数字为建模后得到的，如果建模后所得到的partition = 012012，两两相同则为2，如果partition = 000000，全一样则为1，如果partition = 012345，全不同则为6。括号内的不用输入。
lset nst=2（hky）rates=invgamma
3.成功后输入下一步：其中number代表文件中外样本的编号。 outgroup number/taxon name
4、成功后输入下一步，回车后如果文件夹中存在相同文件名则需要将相同文件替换掉，输入Y后回车。
mcmc ngen=1000000 samplefre=10
5、当要求的代数已经运行完毕，窗口会提示询问是否继续运行，如果回答yes，会要求输入继续运行的
代数。在回答之前，我们一般要先检查the average standard deviation of split frequencies的值，该值代表两个独立分析当前的相似性程度，越接近0越好，如果数值小于0.01则终止运行（一般在0.01-0.05之间即可），但决不能大于0.1，否则继续加10万运行。