磁珠残留对新冠核酸检测结果的影响,到底有多⼤?
作者:李宝林刘靳波
单位:西南医科⼤学附属医院医学检验部
国家卫健委临检中⼼新冠核酸检测第⼆次室间质量评价报告数据显⽰,有2166家单位使⽤磁珠法提取核酸,占整个参加质评实验室的86.92%;可以说,磁珠法提取核酸是⽬前市场上使⽤率、占有率最⾼的⼀种核酸提取⽅法。核酸提取仪提取超过⼀定次数后会出现磁珠残留现象,即提取好的核酸中混有磁珠。磁珠残留对新冠核酸检测结果到底有没有影响?影响有多⼤?
案例经过
2021年1⽉28⽇⼯作⼈员发现⼀台核酸提取仪右侧模块提取好的核酸中有磁珠残留(如图1),于是在扩增过程中做了⼀个磁珠残留对扩增影响的⽐对。结果显⽰,磁珠不管残留与否,内标均能扩增出来(ps:本实验室使⽤的内标为外源性内标,即提取时加⼊的⼈⼯合成的基因⽚段),见图2。
图1 核酸提取中的磁珠残留现象,上图为提取后的核酸混有残留的磁珠,下图为扩增后扩增管中残留的磁珠。
图2 磁珠残留对核酸扩增的影响,左图为⽆磁珠残留扩增的内标,右图为磁珠残留扩增后的内标。核酸检测结果阳性参考值阴性
根据这个实验结果,绝⼤部分⼯作⼈员认为磁珠残留对新冠核酸检测没有影响,毕竟两者之间相⽐,内标没有明显差异性;但是也有少数⼈认为这只是阴性样本的验证,阳性样本有待进⼀步验证。⼤家各持⼀⾯,最后⼀致认为让数据说话,做阳性样本验证。
但摆在⾯前最⼤的困难是没有阳性样本,参加室间质评的样本也没有剩余,性能验证使⽤的是企业参考品,刚刚够做性能验
证。能够使⽤的只有室内质控品,本实验室购买的是⼴州邦德盛中值室内质控品,平均值为2.82E+04 copies/mL,X±2SD为9.01E+03~8.83E+04 copies/mL。室内质控品不是参考品,说明书提供的平均值也只能起参考作⽤。如果要全⾯评估磁珠残留对核酸扩增的影响,应该评估不同浓度梯度。
⾸先,验证正常情况下,不同浓度梯度核酸扩增情况。将室内质控品制成不同浓度梯度的阳性样本,每个浓度8个样本,使⽤另⼀台同型号核酸提取仪提取核酸,然后进⾏扩增,见表1。
表1.不同浓度梯度ORF1ab基因、N基因、E基因Ct值(平均值±标准差)
验证结果证明,在这四个稀释浓度情况下,没有磁珠残留能够有效的扩增出ORF1ab基因、N基因、E基因。接着在出现磁珠残留的核酸提取仪提取核酸,并进⾏扩增,每个浓度重复16个样本,见表2。
表2.有磁珠残留不同浓度梯度ORF1ab基因、N基因、E基因扩增情况分析
备注:所有的样本内标均有扩增,平均值±标准差为29.21±1.51。
通过数据可以看出,磁珠残留对阳性样本核酸扩增有明显影响,ORF1ab基因、N基因、E基因都会出现不同程度的⽆扩增,且随着样本浓度的降低,这种影响愈加明显。
总结
在本次实验中,虽然磁珠残留对内标扩增没有影响,如果我们以内标扩增是否成功作为判断实验成功的标准,很有可能在这种情况下导致阳性样本的漏检,即假阴性的发⽣。
⽬前,每个实验室核酸检测任务都很重,在⼤批量检测样本情况下,会发⽣各种各样的问题,我们认为在实验过程中遇到任何的异常情况都应该引起⾜够重视,到原因,全⾯评估异常情况对结果的影响。
在本次验证磁珠残留对新冠核酸检测影响的实验中,我们仅仅⽤本实验室使⽤的扩增试剂进⾏了验证,也只能验证本实验室使⽤的核酸提取仪,难免有偏颇之处,也希望更多的同⾏遇到类似问题积极探讨,⼀起解决新冠核酸检测中遇到的问题。
编辑:⼩冉审校:okay