PAUP软件使用简要说明
1.数据输入格式 
将需要分析的一组DNA数据经Clustal软件比对分析后，将其比对结果的*.aln文件用Mega软件打开并转换为Mega格式（File-〉Convert To Mega Format），转换结果会以*.meg文件存在与*.aln同一目录下，再用DNAsp软件将*.meg文件转换为PAUP格式（File-〉Save/Export Date As，以NEXUS File Format保存）即可。 
2.MP法分析
先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入 
outgroup_外名 回车 
Bootstrap_nreps=1000_keepall 回车 
Describetree 回车 
Savetrees_from=1 to=1000 回车 
3.NJ法分析 
先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入
outgroup_外名 回车 
Set_criterion=distance 回车 
Bootstrap_search=nj_nreps=1000_keepall 回车 
contree 回车 
Savetrees_from=1_to=1000 回车 
4.ML法分析 
先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入
Set_criterion=likelihood 回车 
Bootstrap_nreps=100_keepall 回车 
contree 回车 
Savetrees_from=1_to=100 回车 
注：外名指的是分析数据中外的代号； 
下划线“_”表示键入一个空格； 
bootstrap 软件结果以*.tre格式存在分析数据的同一文件夹内，用Treeview软件打开。